電子取引データの保存義務と実務対応

電子取引データを一定の要件に従って保存する制度は2022年1月に施行されましたが、対応が困難な事業者については、2023年12月31日まで宥恕措置が設けられていました。この宥恕措置が終了し、2024年1月1日からは、令和5年度税制改正による新たな猶予措置のもとで運用されています。

申告所得税・法人税について帳簿書類の保存義務を負う法人・個人事業者は、請求書や領収書などを電子データでやりとりした場合、そのデータを保存しなければなりません。もっとも、同時に施行された令和5年度税制改正には、要件を緩和する措置も含まれています。この記事では、何が義務で何が任意かを整理したうえで、緩和措置と実務上の対応を扱います。制度の全体像と関係資料は、国税庁の電子帳簿保存法関係にまとめられています。

3つの制度と義務の範囲

電子帳簿保存法は、帳簿書類を電子データで保存することに関する制度を3つに区分しています。このうち、法令上の対応が義務づけられているのは電子取引データ保存です。

残る2つは選択制です。自社で作成した帳簿を電子データのまま保存することも、受領した紙の領収書をスキャンして保存することも義務ではなく、紙で保存し続けても差し支えありません。もっとも、紙と電子が混在した状態では保管も検索も二重の手間になるため、電子取引データへの対応を機に、3つを通じてどこまで電子化するかを検討することになります。

これに対し、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当する電子データをやりとりした場合は、その電子データを保存しなければなりません。メールに添付された請求書PDF、取引先のシステムからダウンロードした領収書、電子契約サービスで締結した契約書などが該当します。電子データのみで授受したものを紙に出力して保存し、元のデータを廃棄する取扱いは認められません。

保存の要件

電子取引データの保存にあたっては、真実性と可視性を確保するための要件を満たす必要があります（電子帳簿保存法施行規則4条1項ほか）。

可視性の面では、ディスプレイやプリンタなどの見読可能装置を備え付け、検索機能を確保することが求められます。自社開発のプログラムを使用する場合は、システムの概要を記載した書類の備付けも必要です。

真実性の面では、次の4つのいずれかの措置を行います。

システムでの対応が難しい場合の受け皿になるのが、4つ目の事務処理規程です。国税庁が規程のサンプルを示しているので、これを自社の実情に合わせて整備することになります。これに対し、訂正削除の記録が残るシステムまたは訂正削除ができないシステムを利用して、電子取引データの授受と保存の双方を行っている場合には、この規程を定める必要はありません。メール等で受け取ったデータを後から保存用のシステムに格納するだけでは、この方法に当たらない点に注意が必要です。

保存期間は、その取引情報を書面で授受した場合に各税法上適用される期間と同じです。

消費税の仕入税額控除の要件として保存すべき請求書等や、交付した適格請求書の写しなどは、所得税・法人税の保存期間にかかわらず7年間となる点に注意が必要です。

令和5年度改正による緩和

保存要件には、規模や状況に応じた緩和が設けられています（国税庁「電子帳簿保存法の内容が改正されました」）。

第一に、税務調査等の際にデータのダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合、検索機能の全てが不要となる対象者が拡大されました。基準期間（2課税年度前）の売上高が5,000万円以下の保存義務者に加え、電子取引データを出力した書面を取引年月日その他の日付および取引先ごとに整理された状態で提示・提出できる保存義務者も、この対象に含まれます。

第二に、猶予措置が設けられました。保存時に満たすべき要件に従って保存することができなかったことについて所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ、税務調査等の際にデータのダウンロードの求めと出力書面の提示・提出の求めのいずれにも応じることができるようにしている場合には、改ざん防止や検索機能などの要件を満たさずにデータを保存しておくことができます。事前の申請は不要です。

終了した宥恕措置との違いに注意が必要です。宥恕措置ではデータのダウンロードの求めに応じる必要はありませんでしたが、猶予措置では、出力書面の提示・提出に加えてデータのダウンロードの求めにも応じられるようにしておく必要があります。データを保存せず紙だけで対応する運用は、猶予措置の下では認められません。

実務上の対応

対象データの洗い出し

対応の出発点は、どのデータが電子取引に当たるかの洗い出しです。経理部門を経由する請求書だけでなく、各部門が個別に受け取っている見積書や注文請書、経費精算に伴う電子領収書も対象になります。

真実性の確保

そのうえで、真実性の確保をシステムで行うか、事務処理規程で行うかを決めます。証憑管理システム等に訂正削除の記録が残る機能があり、そのシステムでデータの授受と保存の双方を行う場合には、規程によらずに真実性を確保できます。メール等で受け取ったデータを後からシステムにアップロードする運用では、別途、タイムスタンプや事務処理規程による対応が必要です。規程による対応を選ぶ場合は、規程を定めるだけでなく、定めたとおりに運用されている状態を保つことが前提になります。

タイムスタンプによる対応を選ぶ場合、付与の時期にも定めがあります。授受後「速やかに」付す方法では、おおむね7営業日以内が目安とされています。これに対し、タイムスタンプを付すまでの各事務の処理に関する規程を定めておけば、業務の処理に係る通常の期間を経過した後に付すことが認められ、最長で授受から2か月とおおむね7営業日以内となります。証憑を月次でまとめて処理する運用であれば、この規程を整備しておく実益があります。

規程が2つ登場する点に注意が必要です。各事務の処理に関する規程は、タイムスタンプを使うことを前提に、その付与期限を延ばすためのものです。一方、訂正削除の防止に関する事務処理の規程は、タイムスタンプも履歴の残るシステムも使わない場合に、それらに代えて真実性を確保するためのものです。両者は目的が異なり、タイムスタンプによる対応を選ぶ場合に後者は不要です。

検索機能の確保

検索機能については、専用のシステムを導入するほか、ファイル名に日付・取引先・金額を含めるルールを設ける方法や、索引簿を作成する方法があります。システムを導入した場合も、検索の条件となる取引年月日・取引金額・取引先を、ファイルごとに入力するか会計データと連携させることが前提になります。保存先にデータを置くだけでは検索機能は働かないため、属性情報を入力する運用が定着するかどうかが、実際の分かれ目になります。売上高が5,000万円以下であるなど緩和の対象に当たる場合でも、社内で必要なデータを探せない状態は実務上支障が生じるため、最低限の整理は必要です。

システムの選定

システムを選ぶ際の手がかりとして、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）による認証があります。市販のソフトウェアが電子帳簿保存法の要件に適合しているかをJIIMAが確認する制度で、電子取引ソフト、スキャナ保存ソフト、電子帳簿ソフトなど区分ごとに認証が設けられており、国税庁も認証情報リストを案内しています。もっとも、国税庁が同じページで注意しているとおり、認証はソフトの機能が要件を満たすことの確認であり、事務手続関係書類の備付けなど機能以外の要件は利用者が満たす必要があります。認証を受けたシステムを導入すれば対応が完了する、というものではありません。

猶予措置の位置づけ

猶予措置は、要件を満たせない場合の受け皿として恒久的に設けられたものですが、相当の理由があると認められることが前提であり、対応しないことをあらかじめ選択できる制度ではありません。まずは要件を満たす体制を目指し、間に合わない部分について猶予措置に頼るという順序になります。

ロジットパートナーズ法律会計事務所のサービス

当事務所では、管理部門DX支援において、電子取引データの洗い出しから保存方法の選択、システムの要件確認までの検討に対応しています。事務処理規程の整備や、税務調査を見据えた保存状況の確認も、あわせて扱います（規程・ポリシー整備、税務顧問・申告）。