インボイス経過措置の切替と2割特例の終了

免税事業者等からの課税仕入れについて仕入税額相当額の8割を控除できる経過措置（8割控除）が2026年9月30日で終わり、10月1日以後の課税仕入れから控除割合が7割に変わります。あわせて、免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者の納付税額を売上税額の2割とする「2割特例」も、2026年9月30日の属する課税期間をもって終了します。

本記事では、切替まで1週間となった時点で、買い手側（仕入税額控除を受ける企業）と売り手側（小規模事業者）のそれぞれが確認しておくべき事項を整理します。内容は国税庁の令和8年度税制改正特集と「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」（令和8年5月改訂。以下「インボイスQ&A」）、財務省の令和8年度税制改正の大綱、および改正法案の新旧対照表（第14条関係）によります。

参考記事: 令和8年度税制改正大綱の実務ポイント（2026年2月17日）／代金減額の禁止と控除項目の点検（2026年9月11日）

2026年10月1日の変更点

7・5・3割控除への見直し

インボイス制度（適格請求書等保存方式）の下では、適格請求書発行事業者以外の者（消費者、免税事業者、登録を受けていない課税事業者。以下「免税事業者等」）からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除の対象になりません。ただし制度開始後の一定期間は、仕入税額相当額の一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。根拠は平成28年の所得税法等の一部を改正する法律（平成28年法律第15号）の附則52条と53条です。

この経過措置は、当初は2023年10月から3年間が8割、その後の3年間が5割で、2029年10月に廃止される予定でした。令和8年度税制改正を盛り込んだ所得税法等の一部を改正する法律（令和8年法律第12号。2026年3月31日公布）の第14条がこの附則を改正し、適用期限を2年延長したうえで控除割合を次のとおり見直しました。

開始日	終了日	改正前	改正後
2023年10月1日	2026年9月30日	80%	80%
2026年10月1日	2028年9月30日	50%	70%
2028年10月1日	2029年9月30日	50%	50%
2029年10月1日	2030年9月30日	控除不可	50%
2030年10月1日	2031年9月30日	控除不可	30%
2031年10月1日	以後	控除不可	控除不可

附則52条は8割の期間（制度開始から3年を経過する日までで、条文上は「適用期限」）を定め、改正後の附則53条1項では、その翌日以後の控除割合を次のように規定します。

一　適用期限の翌日から令和十年九月三十日までの間に行った控除対象課税仕入れ　百分の七十
二　令和十年十月一日から令和十二年九月三十日までの間に行った控除対象課税仕入れ　百分の五十
三　令和十二年十月一日から令和十三年九月三十日までの間に行った控除対象課税仕入れ　百分の三十

出典: 所得税法等の一部を改正する法律案 新旧対照表（第14条関係）

国税庁のインボイスQ&A問113も、令和8年4月の改訂でこの期間と割合に書き換えられました。

改正前スケジュールとの違い

2026年10月以後の控除割合は、改正前の5割ではなく7割です。廃止の時期も2029年10月から2031年10月に2年延びました。改正前のスケジュールを前提に「10月から控除割合が30ポイント下がる」と見込んでいた場合、実際に下がるのは10ポイントです。逆に、免税事業者との取引について「2029年9月まで5割は残る」という理解も、現在の制度では「2028年9月まで7割、2030年9月まで5割、2031年9月まで3割」に置き換わります。

買い手側の実務

控除割合の判定時点

80%と70%のどちらを使うかは、代金の支払日や請求書の受領日ではなく、課税仕入れを行った日で判定します。インボイスQ&Aに令和8年4月に追加された問113-3は、役務の提供と商品の仕入れに分けて、この判定を説明します。

役務の提供を受けた場合の課税仕入れの時期は、原則としてその約した役務の全部が完了した日です。Q&Aの設例は、2026年9月21日から提供を受けている役務が10月20日に完了し、10月31日に代金を支払うというものです。この場合、課税仕入れを行った日は10月20日になるため、9月に提供を受けた部分も含めて全体に70%を用います。一方、商品の仕入れ（資産の譲受け）の課税仕入れの時期は、原則として引渡しのあった日です。9月21日から30日までに引渡しを受けた分は80%、10月1日から20日までに引渡しを受けた分は70%と、引渡日ごとに分かれます。

課税仕入れを行った日は、資産の譲渡等の時期の取扱いに準じて判定します（消費税法基本通達11-3-1）。棚卸資産の引渡しの日は、出荷した日、相手方が検収した日など、契約の内容等に応じて合理的と認められる日のうち事業者が継続して採用している日によります（同9-1-2）。したがって、9月末に納品を受けて10月に検収した取引は、検収日を引渡日として継続している事業者では10月の課税仕入れとして70%を用います。9月分の請求書を10月に受け取って支払う取引は、支払日ではなく引渡日または役務完了日で判定します。継続的な役務は請求の締日ではなく契約上いつ役務が完了するかで判定し、月ごとに役務が完了する契約であれば9月分は80%、10月分は70%です。請負は、物の引渡しを要する契約では目的物を引き渡した日、要しない契約では役務の全部を完了した日を基準とします（同9-1-5）。切替に当たっては、次の点を確認しておく必要があります。

問113-4の設例は、3月決算法人が毎年1月に1年分の保守料金を免税事業者に支払い、法人税基本通達2-2-14の短期前払費用として処理しているケースです。この場合、令和8年3月期の申告では1年分の全額について80%で経過措置を適用して差し支えないとされています。短期前払費用の取扱いにより支出した日の属する課税期間の課税仕入れとするため、この設例では2026年10月以後の期間分を含めて1年分全額に80%を用いることが認められています。

会計システムと税区分の切替

経過措置による仕入税額は、採用している積上げ計算または割戻し計算の方法に従って算出した仕入税額相当額に、その期間の控除割合（80%、70%、50%または30%）を乗じて求めます。積上げ計算では課税仕入れごとに、割戻し計算では課税期間中の対象となる課税仕入れの合計額から計算します（インボイスQ&A問130）。多くの会計システムでは、免税事業者等からの課税仕入れを「経過措置80%」のような専用の税区分で入力し、申告書の作成時に控除額を集計します。10月1日以後の課税仕入れには70%の税区分を使います。システムでの新しい区分の提供状況と、提供済みの場合は既定値の切替時期を事前に確認します。

設定を変えないまま10月以後の仕入れを80%の区分で入力すると、控除額を過大に計算します。逆に、切替日に一括して既定値を70%に変えると、10月に入力する9月分の課税仕入れが70%で計算されて控除不足になります。取引先マスタで免税事業者に既定の税区分を割り当てている場合、既定値の切替が取引日ではなく入力日に基づいて反映されるため、9月分の伝票の入力が終わるまでは日付ごとに区分を選ぶ運用が必要です。

税抜経理で経過措置の対象分の仮払消費税等を区分して計上している場合は、その金額も変わります。国税庁のタックスアンサーNo.6375によると、経過措置の適用を受ける課税仕入れでは、支払対価の額のうち、インボイス制度開始前の仮払消費税等の額の80%・70%・50%または30%相当額を仮払消費税等の額とします。残額を取引の対価の額として所得金額を計算します（消費税経理通達関係Q&Aの問3・問4も同じ整理です）。一方で、経過措置期間中は、こうした課税仕入れについて消費税等相当額を対価の額と区分せずに経理し、仮払消費税等はないものとして所得金額を計算する処理も認められています。仕訳の自動生成で按分を行っているシステムでは、按分率の設定も切り替えます。

2026年10月1日をまたぐ課税期間（3月決算法人の令和9年3月期など）では、同じ課税期間の中に80%の課税仕入れと70%の課税仕入れが混在します。申告では80%の課税仕入れと70%の課税仕入れを区分して集計する必要があるため、期の途中で税区分を追加するときは、集計の対応も含めてシステムベンダーの案内を確認しておくことが望まれます。

帳簿と請求書等の保存要件

経過措置の適用要件そのものは変わりません。帳簿には、通常の記載事項に加えて「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載します。免税事業者等から受け取った請求書等は、区分記載請求書等と同様の記載事項を満たすものを保存します（問113）。帳簿への記載は「80%控除対象」「免税事業者からの仕入れ」のように取引ごとに書く方法のほか、対象取引に記号を付けて「※は80%控除対象」のように別途表示する方法も認められています。10月以後の課税仕入れについては、帳簿の表示を「70%控除対象」のように実態に合わせて改めます。

1億円の上限

経過措置には適用上限があります。一の免税事業者等からの課税仕入れの合計額（税込）が、個人事業者はその年、法人はその事業年度で一定額を超える場合、超えた部分には経過措置を適用できません。この上限が、改正前の10億円から1億円に引き下げられました。

改正法の附則90条3項は、改正後の附則52条1項のうち控除対象課税仕入れに関する部分について、「令和八年十月一日以後に開始する課税期間から適用し、同日前に開始した課税期間については、なお従前の例による」と定めます。したがって1億円の上限は、控除割合の切替（10月1日以後の課税仕入れ）とは異なり、10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。3月決算法人であれば令和9年3月期は10億円のままで、令和10年3月期から1億円になります。個人事業者は令和9年分からです。国税庁の特集ページと問113の整理も同様です。

上限の判定は取引先ごとに、その年またはその事業年度の課税仕入れの合計額で行うため、免税事業者との取引が大口である場合は、取引先別に課税仕入れの累計を把握できる仕組みが必要です。

売り手側の実務

2割特例の終了時期

2割特例は、免税事業者がインボイス発行事業者の登録を受けたことにより課税事業者となった場合に、納付税額を売上税額の2割とすることができる経過措置です（附則51条の2）。適用できるのは「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間」です（インボイスQ&A問114）。

個人事業者の課税期間は暦年なので、最後の適用年は令和8年分（2026年1月から12月）です。法人は2026年9月30日を含む課税期間（通常は事業年度）までで、3月決算法人であれば令和9年3月期（2026年4月から2027年3月）まで適用でき、9月決算法人であれば令和8年9月期が最後です。

3割特例の内容

令和8年度税制改正では、2割特例の後継として「3割特例」が創設されました（附則51条の3。2026年10月1日施行）。対象は個人事業者であるインボイス発行事業者の令和9年分と令和10年分です。課税標準額に対する消費税額の7割を控除することにより、納付税額を売上税額の3割とすることができます（インボイスQ&A問114-2）。

項目	2割特例	3割特例
納付税額	売上税額の2割	売上税額の3割
対象者	個人事業者・法人	個人事業者のみ
適用期間	2026年9月30日の属する課税期間まで	令和9年分・令和10年分
手続	申告書に付記	申告書に付記
根拠	平成28年改正法附則51条の2	平成28年改正法附則51条の3

国税庁の特集ページとリーフレットは、3割特例の対象が個人事業者のみであり、法人は対象外であることを明記しています。2割特例が終了した後の法人は、一般課税か簡易課税で申告します。

適用要件は2割特例と同様です。対象は、本来は免税事業者である個人事業者（課税事業者選択届出書の提出により課税事業者となっている者を含みます）が、インボイス発行事業者となっている課税期間です。基準期間（令和9年分なら令和7年、令和10年分なら令和8年）の課税売上高が1,000万円以下であることが前提です。登録した年に限られるものではなく、登録時に課税事業者であった個人事業者も、翌課税期間以後に基準期間の課税売上高が1,000万円以下となれば原則として適用できます。適用できない課税期間は問115-2に整理されています。事前の届出は不要で、確定申告書に適用を受ける旨を付記します。なお、令和10年4月1日以後は、3割特例の計算の基礎となる課税標準額から特定少額資産の譲渡の対価の額が除かれます（問114-2）。

3割特例・簡易課税・一般課税の選択

2割特例から3割特例に移ると、売上税額に対する納付額は2割から3割に、つまり1.5倍になります。年間の課税売上高が税込880万円（売上税額80万円。すべて標準税率10%の売上げと仮定）の個人事業者を例に、申告方法ごとの納付税額を並べると次のとおりです。

申告方法	納付税額
2割特例	16万円
3割特例	24万円
簡易課税（第5種）	40万円
簡易課税（第2種）	16万円
一般課税	課税仕入れの実額による

みなし仕入率の低い業種（サービス業50%、不動産業40%）では3割特例のほうが有利になり、みなし仕入率の高い業種（卸売業90%、小売業80%）では簡易課税のほうが納付税額を抑えられます。国税庁のインボイスQ&A問117-3も、小売業の設例で簡易課税のほうが有利になると説明しています。設備投資などにより控除できる仕入税額が売上税額を上回る年は、一般課税であれば還付が生じますが、簡易課税や3割特例では通常、還付が生じない点も判断材料です。

簡易課税は、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出書を提出する必要があります。ただし、2割特例または3割特例の適用を受けた課税期間の翌課税期間については、その翌課税期間の確定申告期限までに届出書を提出すれば、その翌課税期間から簡易課税を適用できます（附則51条の2第6項、51条の3第5項。問117）。改正前は翌課税期間の末日までが期限でしたが、令和8年度改正で申告期限まで延びました。この見直しは翌課税期間が2026年10月1日以後に終了する場合に適用されます。

個人事業者であれば、令和8年分まで2割特例で申告した後、令和9年分の確定申告期限（2028年3月31日）までに届出書を出せば、令和9年分から簡易課税を適用できます。3割特例を令和10年分まで使った後についても同様に、令和11年分の確定申告期限（2030年3月31日が日曜日のため2030年4月1日）までの届出で令和11年分から簡易課税に移れます。法人については、たとえば3月決算法人が令和9年3月期に2割特例を適用した場合、令和10年3月期の申告期限（2028年5月31日）までの届出で令和10年3月期から簡易課税を適用できます。

事後に選択できるといっても、簡易課税はいったん適用すると2年間は継続しなければならず、その間に大きな設備投資があっても還付を受けられません。年ごとの損益と投資計画を見て、届出のタイミングを管理しておく必要があります。

免税事業者との取引条件の見直し

控除割合が8割から7割に下がることを理由に、買い手が免税事業者との取引価格を引き下げようとする場面が出てきます。取引価格の引下げは、税務だけでなく、独占禁止法と中小受託取引適正化法（取適法）にも関わります。

財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省は、連名で免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&Aを公表しました（令和4年1月19日公表、令和8年1月30日改正）。そのQ7が、買い手側の行為類型ごとに考え方を示しています。取引価格の引下げについては、仕入税額控除が制限される分を、免税事業者の仕入れや諸経費の支払いに係る消費税の負担も考慮したうえで、双方納得の上で設定することが前提です。この前提を満たせば、結果的に取引価格が引き下げられたとしても、独占禁止法上問題となるものではないとしています。一方で、再交渉が形式的なものにすぎず、買い手の都合のみで著しく低い価格を設定した場合は別です。免税事業者が仕入れ時に支払っていた消費税額も払えないような価格を設定すれば、優越的地位の濫用として問題になるとしています。インボイス発行事業者への登録を要請すること自体は問題ありませんが、登録しなければ価格を引き下げる、取引を打ち切ると一方的に通告することは、独占禁止法上または取適法上問題となるおそれがあるとされています。

同Q&Aは2026年1月の改正で、下請法に代わって同年1月1日に施行された取適法を踏まえた内容に改められました。取適法は、同法上の委託事業者と中小受託事業者の間で行われる製造委託、修理委託、情報成果物作成委託、役務提供委託、特定運送委託の5類型の取引を対象とします。これらの取引で、仕入先の責めに帰すべき理由がないのに発注時に定めた代金の額を減じることは、代金の減額（取適法5条1項3号）として問題になります。通常支払われる対価に比べて著しく低い代金を不当に定めることは、買いたたき（同項5号）に当たります。仕入先が免税事業者であることは、責めに帰すべき理由には当たりません。

なお、同Q&Aは経過措置の割合の変更そのものには触れていません。8割控除から7割控除への切替についても、同Q&Aが示す一般的な考え方を踏まえ、当事者の取引上の地位、協議の経緯、設定された価格の水準などに照らして判断されることになります。7割控除の後も5割、3割と段階的に下がることが決まっているため、切替を機に価格交渉を行う場合は、その都度見直すのか、あらかじめ複数年の条件を決めるのかを含めて検討しておくのが現実的です。

継続する経過措置

今回の改正で変更のない経過措置は次のとおりです。

ロジットパートナーズ法律会計事務所のサービス

当事務所では、税務顧問・申告において、消費税の申告のほか、経過措置の切替に伴う控除額の試算や、2割特例の終了後に3割特例・簡易課税・一般課税のいずれを選ぶかの検討に対応します。会計システムの税区分や取引先マスタの設定を切替に合わせて見直す作業や、期をまたぐ課税仕入れの集計の確認も支援の対象です（管理部門DX支援）。免税事業者との取引条件を見直す場合の、独占禁止法・取適法の観点からの確認や、協議の進め方と記録の残し方の整理も、あわせて扱います（法務コンサルティング、契約書作成・レビュー）。